[R] El Capitan に xml2 パッケージのインストール

April 23, 2017
computer Rmarkdown

OSX El Capitan と XCode に問題があって， tidyverse をインストールしようとすると xml2 パッケージをコンパイルできず止まってしまう。一向に解決されない，OS のアップグレードもしたくない。学習さえしないので同じ問題に遭遇した回数はや3回。ようやく記録を取ろうと思う。

注意：Sierra にアップグレードできる人は，アップグレードした方がいいと思います。

参考にしたのは

要するに，こういうことだろう。

$ cp /usr/bin/xml2-config ~/bin
$ nano ~/bin/xml2-config

3行目を書き換える

#prefix=$(xcrun -show-sdk-path)/usr
prefix=/usr

一時的に PATH の優先順位を変えてやる。

$ export PATH=~/bin:$PATH

同じシェルのセッションから R を呼び出す。（RStudio などを使いたければから open -a RStudio などとすればよいかもしれない）

$ R
R version 3.4.0 (2017-04-21) -- "You Stupid Darkness"                                Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
...

> install.packages("xml2")

CRAN ミラーを選ぶように促されるのでこだわりがなければ 0-Cloud を選ぶ。インストールがはじまる。上手くいったら q() で終了。

> q()